CA Paris, 24 mars 2023, RG 20/03907

TRIBUNAL JUDICIAIRE DE PARIS

3ème chambre 2ème section

No RG 20/03907 No Portalis 352J-W-B7E-CSAXY
No MINUTE :

Assignation du : 15 Mai 2020

JUGEMENT rendu le 24 Mars 2023 DEMANDERESSE
Société MGI INTERNATIONAL SALES CO., LIMITED [Adresse 7] [Adresse 2] [Adresse 8] (CHINE)
représentée par Maître David POR du LLP ALLEN & OVERY LLP, avocat au barreau de PARIS, vestiaire #J0022

DÉFENDERESSE
Société ILLUMINA CAMBRIDGE LIMITED [Adresse 1] [Localité 3] (ROYAUME-UNI)
représentée par Maîtres Sabine AGE et Florence JACQUAND de la SAS HOYNG ROKH MONEGIER, avocats au barreau de PARIS, vestiaire #P0512

Copies exécutoires délivrées le :
- Me POR #J0022 - Me AGE #P0512COMPOSITION DU TRIBUNAL
Madame Irène BENAC, Vice-Présidente Madame Elodie GUENNEC, Vice-présidente Monsieur Arthur COURILLON-HAVY, Juge
assisté de Monsieur Quentin CURABET, Greffier
DÉBATS
Aux audiences des 18 et 19 Janvier 2023, présidées par Irène BENAC, tenues en audience publique avis a été donné aux parties que le jugement serait rendu par mise à disposition au greffe le 24 Mars 2023.
JUGEMENT
Prononcé publiquement par mise à disposition au greffe Contradictoire en premier ressort

EXPOSÉ DES FAITS ET DE LA PROCÉDURE
1. La société MGI International Sales Co (désignée ci-après par MGI, société chinoise filiale du groupe BGI pour Beijing Genomics Institute) et la société Illumina Cambridge (société britannique filiale du groupe américain du même nom) sont des sociétés spécialisées notamment dans le domaine du séquençage génétique par synthèse et qui commercialisent dans le monde entier des séquenceurs, des réactifs nécessaires aux procédés chimiques de séquençage et des outils d'analyse.
2. Le séquençage consiste à déterminer l'enchaînement des bases nucléiques azotées (Adénine, Thymine, Guanine ou Cytosine) incluses dans des nucléotides dont la structure est la suivante. 3. Le principe du séquençage par synthèse (abrégé en SBS) est d'identifier la succession des bases nucléiques en reproduisant la synthèse naturelle de l'ADN par réplication d'un brin simple et en y ajoutant : - le blocage du processus après l'incorporation de chaque nouveau nucléotide, - l'identification de la base de celui-ci et - l'élimination par clivage des groupes moléculaires permettant le blocage et l'identification, après quoi un nouveau cycle commence sur la base suivante du brin d'ADN séquencé.
4. Les nucléotides utilisés pour cette synthèse artificielle sont chimiquement modifiés pour pouvoir non seulement être incorporés au brin séquencé mais aussi bloquer le processus, permettre l'identification de la base et éliminer le groupe de blocage pour permettre la reprise de la synthèse et la répétition du cycle, sans dénaturer le brin d'ADN. Le point de liaison du groupe de blocage est le troisième atome de carbone du sucre du nucléotide (ci-après position 3'), auquel le nucléotide suivant vient se lier.
5. La société Illumina Cambridge est titulaire de plusieurs brevets portant sur des nucléotides modifiés pour permettre la SBS et de procédés d'utilisation de ceux-ci et plus particulièrement - le brevet EP 1 530 578 - ci-après EP 578 - intitulé "nucléotides modifiés pour le séquençage de polynucléotide" dont la demande a été déposée le 23 août 2003 sous priorités des demandes américaines no 227131 du 23 août 2002 et anglaises no0230037 du 23 décembre 2002 et no0303924 du 20 février 2003, délivré le 13 mars 2013 et - le brevet EP 3 002 289 (ci-après EP 289) portant le même intitulé car issu d'une demande divisionnaire du précédent, également déposé le 23 août 2003 sous les mêmes priorités.
6. Par acte du 15 mai 2020, la société MGI a assigné la société Illumina Cambridge en nullité de la partie française de ces deux brevets.
7. Ayant appris que la société MGI avait été lauréate d'un appel d'offres du Commissariat à l'énergie atomique (ci-après CEA) pour la fourniture de séquenceurs, par ordonnance du 24 septembre 2020, la société Illumina Cambridge a été autorisée à pratiquer une saisie contrefaçon dans les locaux du CEA et les opérations ont eu lieu le 30 septembre 2020.
8. Par ordonnance du 9 juillet 2021, le juge de la mise en état a débouté la société Illumina Cambridge de ses demandes tendant au prononcé de mesures provisoires d'interdiction et de communication de pièces au titre du droit d'information aux motifs de l'ancienneté et du caractère isolé des faits de contrefaçon réparables par dommages-intérêts, a débouté la société MGI de sa demande d'indemnité provisionnelle fondée sur l'abus de position dominante commis par la société Illumina Cambridge en France et a condamné la société Illumina Cambridge aux dépens de l'incident et à payer à la société MGI la somme de 80.000 euros au titre de l'article 700 du code de procédure civile.
9. Une seconde saisie contrefaçon a été autorisée par la cour d'appel de Paris le 8 février 2022 et a été effectuée dans les locaux du CEA le 10 mars 2022.
10. Dans ses dernières conclusions signifiées le 25 novembre 2022, la société MGI demande : à titre principal, - la nullité des revendications 1 à 30 de la partie française du brevet européen no 1 530 578 et des revendications 1 à 15 de la partie française du brevet européen no 3 002 289 ; - la nullité des deux procès-verbaux de saisie contrefaçon des 30 septembre 2020 et du 10 mars 2022 et la somme de 1.000.000 euros à titre de dommages et intérêts en réparation du préjudice subi du fait des deux saisies contrefaçon ; à titre subsidiaire, - l'octroi d'une licence obligatoire sur ces brevets ainsi que sur tout brevet (ou demande de brevet) futur de la même famille, non-exclusive, couvrant le territoire français, pour tout produit et procédé dont l'utilisation ou l'offre d'utilisation constituerait une contrefaçon, pour toute la durée légale des brevets de nucléotides modifiés de la société Illumina Cambridge, soit jusqu'au 22 août 2023, moyennant une redevance calculée sur l'assiette du prix de vente net de tout produit sous licence et, à titre très subsidiaire, la désignation d'un expert pour déterminer quel taux de redevance constituerait une juste valeur du marché pour la licence ; en tout état de cause, - la condamnation de la société Illumina Cambridge à lui payer la somme de 1.000.000 euros à titre de dommages et intérêts provisionnels, à parfaire, en réparation de son préjudice résultant de l'abus de position dominante et la désignation d'un expert pour évaluer le préjudice réel ; - la condamnation de la société Illumina Cambridge aux dépens et à lui payer la somme de 250.000 euros au titre de l'article 700 du code de procédure civile.
11. Dans ses dernières conclusions signifiées le 26 octobre 2022, la société Illumina Cambridge demande au tribunal de : - débouter la société MGI de ses demandes de nullité des revendications no 1 à 30 de la partie française du brevet EP 578 et no 1 à 15 de la partie française du brevet EP 289 ; - dire que la société MGI a commis des actes de contrefaçon directe ou par fourniture de moyens de ses brevets européens EP 578 et EP 289 en offrant, mettant dans le commerce, important, livrant, utilisant et détenant à ces fins des réactifs de séquençage StandardMPS et CoolMPS et des séquenceurs fonctionnant avec ces réactifs ; - interdire à la société MGI de poursuivre ces agissements sous astreinte ; - ordonner à la société MGI d'adresser à chacun des détenteurs de séquenceurs incriminés en France, dans un délai de 15 jours à compter de la signification du jugement à intervenir, et sous astreinte, une lettre recommandée avec accusé de réception pour les avertir de la décision de justice ; - ordonner que tous les sets et/ou kits de séquençage contenant la chimie StandardMPS ou la chimie CoolMPS soient rappelés pour être confisqués et placés sous séquestre sous astreinte ; - enjoindre à la société MGI de communiquer, sous astreinte, un état certifié des ventes des produits et machines contrefaisants ; - condamner la société MGI à lui payer une provision de 800.000 euros, à valoir sur son préjudice du fait de la contrefaçon et une somme de 1.000.000 euros au titre de l'atteinte portée à la valeur de ses brevets ; - rejeter les demandes de la société MGI au titre d'une licence obligatoire ; - ordonner la publication du jugement à intervenir ; - condamner la société MGI aux dépens et à lui payer 400.000 euros au titre de l'article 700 du code de procédure civile.
12. De nombreuses autres instances opposent les parties sur le respect de ces brevets. En Allemagne, la validité du brevet EP 578 et sa contrefaçon par la société MGI et une autre filiale du groupe BGI ont été jugées. En Angleterre, la validité de la partie anglaise des brevets EP 578 (après limitation de la revendication 1 au cas où le groupe de blocage est un groupe azidométhyle) et EP 289 et leur contrefaçon par la société MGI ont été jugées en première instance et en appel. En Belgique, une décision définitive a conclu à la validité et à la contrefaçon par la société MGI du brevet EP 289 et déclaré irrecevable l'action en nullité contre le brevet EP 578. En Suède, la validité de la partie suédoise du brevet EP 289 et sa contrefaçon par la société MGI et deux autres filiales du groupe MGI ont été jugées en première instance le 18 mars 2022 et un appel est en cours. En Suisse, la validité du brevet EP 578 a été admise en première instance et en appel. Des procédures au fond sont encore pendantes au Danemark, en Finlande, en Grèce, en Italie, en République tchèque et en Turquie.
13. L'ordonnance de clôture a été rendue le 8 décembre 2022 et l'affaire plaidée les 18 et 19 janvier 2023.
14. A l'issue des débats, le tribunal a invité les parties à compléter leurs explications relatives à la nullité des saisies-contrefaçon au regard d'une décision de la Cour de cassation attendue le 1er février 2023. La société MGI a produit deux notes en délibéré les 8 et 15 février et la société Illumina Cambridge une le 14 février 2023.

MOTIVATION
I . Sur les notes en délibéré
15. Par note du 8 février 2023, la société MGI a non seulement complété ses observations sur la nullité du procès-verbal de saisie-contrefaçon du 30 septembre 2020 au regard de l'arrêt de la Cour de cassation du 1er février 2023 mais également transmis, traduit et commenté une opinion préliminaire de la chambre de recours de l'OEB sur une des questions de fond soumises au tribunal. Par note du 15 février 2023, elle a présenté ses observations sur l'arrêt de la Cour de cassation du 1er février 2023 et demandé que le moyen nouveau de la société Illumina Cambridge tiré de l'absence d'exception d'incompétence soit écarté ou fasse l'objet d'une réouverture des débats.
16. Par note du 14 février 2023, la société Illumina Cambridge a demandé que les pièces nouvelles produites par la demanderesse soient écartées des débats comme excédant le périmètre de la note autorisée après clôture des débats et a présenté ses explications sur la saisie-contrefaçon du 30 septembre 2020 au regard de l'arrêt du 1er février 2023.
Sur ce,
17. L'article 442 du code de procédure civile dispose que le président et les juges peuvent inviter les parties à fournir les explications de droit et de fait qu'ils estiment nécessaires ou à préciser ce qui paraît obscur et l'article 445 pose le principe selon lequel les parties ne peuvent déposer aucune note à l'appui de leurs observations après la clôture des débats, si ce n'est à la demande du président.
18. Les parties ne sont recevables à déposer de notes en délibéré que dans le cadre strict de la demande du tribunal. Dès lors, le tribunal ne saurait retenir dans les débats les explications objet du point 2 de la note de la société MGI du 8 février 2023 et la pièce nouvelle qui y était jointe et il y a lieu de les écarter. En revanche, les observations des parties sur les conséquences qu'elles tirent de l'arrêt de la Cour de cassation du 1er février 2023 seront examinées avec la validité du procès-verbal de saisie- contrefaçon infra sans qu'il y ait lieu de réouvrir les débats.
II . Sur la validité des brevets
19. L'article 52 de la Convention sur le brevet européen de Munich du 5 octobre 1973 (ci-après CBE) dispose que "les brevets européens sont délivrés pour toute invention dans tous les domaines technologiques, à condition qu'elle soit nouvelle, qu'elle implique une activité inventive et qu'elle soit susceptible d'application industrielle".
1 . Présentation des brevets
20. La description des brevets expose que : - le séquençage par synthèse d'ADN nécessite de contrôler l'incorporation du nucléotide complémentaire en face de l'oligonucléotide séquencé et d'ajouter des nucléotides en plusieurs cycles au fur et à mesure que chaque résidu nucléotidique est séquencé ; - pour garantir qu'une seule incorporation se produise, une modification structurelle des nucléotides de séquençage dite "groupe de blocage" est nécessaire ; - ce groupe de blocage doit être retirable dans des conditions de réaction qui n'interfèrent pas avec l'intégrité de l'ADN séquencé, le cycle de séquençage pouvant ensuite se poursuivre avec l'incorporation du prochain nucléotide marqué bloqué ; - il existe de nombreuses limites à l'adéquation d'une molécule en tant que groupe de blocage en ce que celui-ci doit jouer ce rôle de contrôle des incorporations tout en étant facilement éliminable du groupement sucre sans endommager la chaîne polynucléotidique, être toléré par la polymérase utilisée et avoir la capacité d'être éliminé dans des conditions douces, de préférence aqueuses ; - des groupes de blocage réversibles à cet effet ont été décrits mais aucun d'entre eux ne remplit de manière générale les critères précités pour la chimie des polynucléotides ; - il n'existe notamment aucun mode de réalisation du clivage réussi d'un groupe 3'-allyl dans des conditions préservant l'intégrité de l'ADN ; - l'invention est basée sur le développement surprenant d'un certain nombre de groupes de blocage réversibles et de procédés visant à leur déprotection dans des conditions compatibles avec l'ADN, certains de ces groupes étant nouveaux et d'autres divulgués dans l'art antérieur mais sans preuve de ce qu'ils pouvaient être utilisés dans le séquençage d'ADN.
21. La description décrit encore les procédés associés, notamment le procédé de séquençage d'un polynucléotide simple brin cible, comprenant : (a) la mise en oeuvre d'une pluralité de nucléotides différents selon l'invention, lesquels sont de préférence liés depuis la base à un marqueur détectable par un lieur clivable et dans lequel le marqueur détectable lié à chaque type de nucléotide peut être distingué lors de la détection du marqueur détectable utilisé pour d'autres types de nucléotides ; (b) l'incorporation du nucléotide dans le complément du polynucléotide simple brin cible ; (c) la détection du marqueur du nucléotide de (b), déterminant ainsi le type de nucléotide incorporé ; (d) le retrait du marqueur du nucléotide de (b) et du groupe de blocage ; (e) éventuellement répétition des étapes (b) - (d) une ou plusieurs fois ; ainsi qu'un kit associant les différents nucléotides de l'invention et leur emballage.
22. Il est enfin indiqué que les nucléotides selon l'invention peuvent être utilisés dans les procédés de séquençage Sanger et les protocoles associés, dans lesquels le lieur reliant le marqueur détectable au nucléotide peut ou non être clivable.
23. Le brevet EP 578 a fait l'objet d'une procédure d'opposition devant l'Office européen des brevets (ci-après OEB). Le 9 décembre 2015, la division d'opposition a rejeté l'opposition et maintenu le brevet tel que délivré et cette décision est définitive.
24. Il comporte 30 revendications se rapportant aux nucléotides modifiés et à leur utilisation, dont seules les suivantes sont invoquées au titre de la contrefaçon : 1. Molécule de nucléotide modifiée comprenant une base purine ou pyrimidine et un groupement sucre ribose ou désoxyribose ayant un groupe de blocage de 3'-OH retirable fixé de manière covalente à celle-ci, de sorte que l'atome de carbone 3' a un groupe fixé de structure O-Z où - Z est l'un quelconque de -C(R')2 -N(R") , -C(R') -N(H)R" et -C(R')2 -N3, - où chaque R" est ou fait partie d'un groupe protecteur retirable ; - chaque R' est indépendamment un atome d'hydrogène, un groupe alkyle, alkyle substitué, arylalkyle, alcényle, alcynyle, aryle, hétéro-aryle, hétérocyclique, acyle, cyano, alcoxy, aryloxy, hétéroaryloxy ou amido, ou un marqueur détectable fixé par le biais d'un groupe de liaison ; ou bien (R')2 représente un groupe alkylidène de formule =C(R"')2 où chaque R"' peut être identique ou différent et est choisi dans le groupe comprenant les atomes d'hydrogène et d'halogène et les groupes alkyle ; et où ladite molécule peut être mise à réagir pour produire un intermédiaire dans lequel chaque R" est échangé pour H, lequel intermédiaire se dissocie dans des conditions aqueuses pour donner une molécule avec un 3'OH libre. 4. Molécule selon l'une quelconque des revendications 1 à 3 où Z est un groupe azidométhyle. 6. Molécule selon l'une quelconque des revendications précédentes où ladite base est liée à un marqueur détectable via un lieur clivable ou un lieur non clivable. 7. Molécule selon la revendication 6 où ledit lieur est clivable. 9. Molécule selon l'une quelconque des revendications 6 à 8 où ledit marqueur détectable est un fluorophore. 12. Procédé de régulation de l'incorporation d'un nucléotide selon l'une quelconque des revendications 6 à 10 et complémentaire d'un second nucléotide dans un polynucléotide simple brin cible dans une réaction de synthèse ou de séquençage comprenant l'incorporation dans le polynucléotide complémentaire en croissance dudit nucléotide, l'incorporation dudit nucléotide empêchant ou bloquant l'introduction de molécules de nucléoside ou de nucléotide subséquentes dans ledit polynucléotide complémentaire en croissance. 17. Procédé pour déterminer la séquence d'un polynucléotide simple brin cible, comprenant le suivi de l'incorporation séquentielle de nucléotides complémentaires, où au moins une incorporation est d'un nucléotide selon l'une quelconque des revendications 6 à 10 et où l'identité du nucléotide incorporé est déterminée par détection du marqueur lié à la base, et le groupe de blocage et ledit marqueur sont retirés avant l'introduction du nucléotide complémentaire suivant. 25. Kit, comprenant (a) une pluralité de nucléotides différents où ladite pluralité de nucléotides différents est telle que définie dans l'une quelconque des revendications 6 à 10 ; et (b) des matériaux d'empaquetage pour ceux-ci. 29. Oligonucléotide comprenant un nucléotide modifié selon les revendications 1-11. 30. Nucléotide triphosphate comprenant un nucléotide modifié selon les revendications 1-11.
25. Le brevet EP 289 est contesté devant l'OEB ; la division d'opposition l'a maintenu avec des modifications par décision du 22 décembre 2021 et un recours est en cours d'examen.
26. Il contient quinze revendications, les revendications 1, 6, 9 et 10 étant indépendantes. Les revendications du titre tel que délivré invoquées au titre de la contrefaçon sont les suivantes. 1. Molécule de nucléotide triphosphate modifiée comprenant une base purique ou pyrimidique et un groupe fonctionnel de sucre désoxyribose comportant un groupe 3'-azidométhyle. 2. Molécule selon la revendication 1, ladite base étant liée à un marqueur détectable par l'intermédiaire d'un lieur clivable ou d'un lieur non clivable. 3. Molécule selon la revendication 2, ledit lieur étant clivable. 4. Molécule selon la revendication 2 ou 3, ledit marqueur détectable étant un fluorophore. 6. Kit comprenant quatre molécules de nucléotides triphosphates modifiées, chacune comprenant une base purine ou pyrimidine et un groupement sucre désoxyribose comportant un groupe 3'-azidométhyle où chaque nucléotide comporte une base qui est liée à un marqueur détectable lié à chaque nucléotide par l'intermédiaire d'un lieur clivable et où le marqueur détectable lié à chaque nucléotide peut être différencié lors de la détection du marqueur détectable utilisé pour les trois autres nucléotides. 9. Molécule polynucléotidique comportant un groupe 3'-azidométhyle. 10. Procédé permettant de déterminer la séquence d'un polynucléotide simple brin cible, comprenant le suivi de l'incorporation séquentielle de nucléotides complémentaires, au moins une incorporation étant celle d'un nucléotide comprenant une base purique ou pyrimidique et un groupe fonctionnel de sucre désoxyribose comportant un groupe 3'-azidométhyle où le nucléotide comporte une base qui est liée à un marqueur détectable par l'intermédiaire d'un lieur clivable et l'identité du nucléotide étant déterminée en détectant le marqueur lié à la base et le groupe de blocage et le marqueur étant enlevés avant introduction du nucléotide complémentaire suivant.
2 . Sur la nullité des brevets pour insuffisance de description
27. Aux termes de l'article L. 614-12 du code de la propriété intellectuelle, "La nullité du brevet européen est prononcée en ce qui concerne la France par décision de justice pour l'un quelconque des motifs visés à l'article 138, paragraphe 1, de la Convention de Munich Si les motifs de nullité n'affectent le brevet qu'en partie, la nullité est prononcée sous la forme d'une limitation correspondante des revendications.". Selon l'article 138 de cette convention, "(1) Sous réserve de l'article 139, le brevet européen ne peut être déclaré nul, avec effet pour un État contractant, que si : a) l'objet du brevet européen n'est pas brevetable en vertu des articles 52 à 57 ; b) le brevet européen n'expose pas l'invention de façon suffisamment claire et complète pour qu'un homme du métier puisse l'exécuter".
28. Ces dispositions sont constamment interprétées en ce sens qu'une invention est suffisamment décrite lorsque l'homme du métier est en mesure, à la lecture de la description et grâce à ses connaissances professionnelles normales, théoriques et pratiques, d'exécuter l'invention (Com 23 mars 2005, pourvoi no 03-16.532 ; Com., 20 mars 2007, pourvoi no 05-12.626, Bull. 2007, IV, no 89 ; Com., 13 novembre 2013, pourvoi no 12-14.803, 12-15.449). Le fait que certains éléments indispensables au fonctionnement de l'invention ne figurent ni explicitement dans le texte des revendications ou de la description, ni dans les dessins représentant l'invention revendiquée, n'implique pas nécessairement que l'invention n'est pas exposée dans la demande de façon suffisamment claire et complète pour qu'un homme du métier puisse l'exécuter, dès lors que ces éléments indispensables appartiennent à ses connaissances générales (Cass. Com., 23 janvier 2019, pourvois no 17-14.673 et 16-28.322).
a) L'homme du métier
29. La société MGI définit l'homme du métier comme une équipe, expérimentée dans l'emploi et le développement de produits commerciaux utilisant des nucléotides ou nucléosides modifiés, y compris des produits de séquençage de l'ADN, comprenant un spécialiste en chimie organique, possédant un diplôme universitaire et plusieurs années d'expérience pratique concernant les nucléotides et nucléosides chimiquement modifiés, avec des connaissances solides concernant les méthodes de synthèse ainsi qu'un ingénieur mécanicien ou un ingénieur ayant une formation appropriée et de l'expérience dans les processus d'imagerie biochimique.
30. Selon la définition proposée par la société Illumina Cambridge, il s'agit d'une équipe comprenant des scientifiques travaillant sur le développement de produits de séquençage par synthèse, cet homme du métier étant titulaire d'un doctorat en chimie, en biologie moléculaire ou dans une discipline voisine et ayant au moins cinq ans d'expérience pratique en laboratoire universitaire ou industriel dans le domaine de la recherche et du développement des technologies de séquençage de l'ADN.
Sur ce,
31. L'homme du métier est dans le cas présent une équipe de chimistes spécialisés dans le domaine de la recherche et du développement des technologies de séquençage de l'ADN qui dispose de connaissances étendues en biologie moléculaire, en chimie organique et méthodes de synthèse.
b) L'insuffisance de description
La société MGI soutient que les brevets sont nuls comme insuffisamment décrits en ce que : a) l'homme du métier ne peut pas mettre en oeuvre l'une des variantes de la revendication 1 du brevet EP 578 (celle dans laquelle Z est -C(R')2-N3 couvrant, entre autres, le groupe azidométhyle) car les caractéristiques 1.4 et 1.5 prescrivent spécifiquement que le nucléotide modifié doit pouvoir être mis à réagir pour produire un intermédiaire dans lequel chaque R" est échangé pour H, lequel intermédiaire se dissocie dans des conditions aqueuses pour donner une molécule avec un 3'-OH libre de sorte que, en l'absence de R", la revendication 1 n'est pas suffisamment décrite et que toutes les revendications qui l'intègrent sont également invalides ; b) la revendication de procédé 17 du brevet EP 578, qui concerne un procédé de séquençage d'un polynucléotide simple brin et précise que le lieur doit être retiré après l'incorporation du nucléotide modifié dans le brin d'ADN cible, ne peut pas être mise en oeuvre car la revendication 6, dont elle dépend définit le lieur du marqueur comme étant clivable ou non clivable ; or, si un lieur non clivable est utilisé, le marqueur ne peut pas être retiré ; la pertinence de ce grief est confirmé par la modification de la revendication 2 du brevet EP 289 (l'équivalent de la revendication 6 du brevet EP 578) dans le cadre de la procédure d'opposition devant l'OEB qui supprime l'alternative "lieur non clivable" ; le même raisonnement s'applique à la revendication 19, dépendante de la revendication 17 ; c) la revendication 10 du brevet EP 289 ne précise pas si le lieur clivable est retiré en totalité ou partie et les exemples ne montrent pas comment retirer le marqueur sans qu'au moins une partie du lieur clivable ne soit enlevée, de sorte que l'homme du métier ne peut pas mettre en oeuvre l'invention ; d) la société Illumina Cambridge définit le problème technique comme consistant à fournir un groupe de blocage aux propriétés améliorées par rapport à l'art antérieur et, dans ce cas, les brevets ne sont pas suffisamment décrits, car ils ne résolvent pas ce problème technique en ce que : - le groupe de blocage divulgué ne présente pas de propriétés d'incorporation améliorées par rapport aux groupes de l'art antérieur, - selon l'expérience retracée dans les brevets, l'invention divulguée permet seulement de séquencer au mieux quelques bases d'un ADN cible, - les conditions de retrait décrites dans les brevets conduisent nécessairement à une dénaturation de l'ADN, - les conditions divulguées dans les brevets ne permettent pas de débloquer le groupe protecteur avec un rendement suffisamment élevé.
32. La société Illumina Cambridge oppose que : a) pour obtenir un bloc retirable avec la variante dans laquelle Z est -C(R')2-N3, l'homme du métier comprend qu'il lui suffit de sélectionner R' dans l'un des substituants proposés par la caractéristique 1.3.4 et l'absence de référence à R" ne le fera pas douter de la possibilité d'obtenir un nucléotide modifié dont le groupe de blocage sera retirable ; les paragraphes 57 à 60, 72 et 116 à 118 de la description l'expliquent et cela n'affecte pas le brevet dans son entier d'une insuffisance de description ; b) dans le cas d'un lieur non clivable, les connaissances générales de l'homme du métier lui enseignent comment opérer le retrait par une autre méthode comme le blanchiment ; c) les paragraphes 76 à 90 de la description fournissent d'amples explications à l'homme du métier pour lui permettre de choisir des lieurs clivables appropriés et la question de la conservation du lieur après clivage ne se poserait pas à lui ; d) les arguments sur l'art antérieur sont les mêmes que ceux opposés au titre du défaut d'activité inventive ; or, les groupes de blocages identifiés dans l'art antérieur (par le docteur [R]) n'ont jamais été utilisés efficacement alors que l'efficacité de ses réactifs de séquençage avec un groupe protecteur azidométhyle est largement démontrée ; la société MGI ne démontre aucunement que le retrait du groupe de blocage selon le brevet endommage l'ADN, les expériences du professeur [N] du 11 janvier 2021 n'étant pas crédibles. Elle rappelle que l'on doit retenir la même définition de l'homme du métier pour l'appréciation de la suffisance de description du brevet examiné qu'à celle de son caractère inventif et non prêter à l'homme du métier des connaissances élargies pour la seconde et étriquées pour la première.
Sur ce,
33. La revendication 1 du brevet EP 578 divulgue trois structures moléculaires pour le groupe de blocage et expose le mode de déprotection par production d'un intermédiaire permettant sa dissociation en conditions aqueuses après échange du groupe R" pour H, alors que la troisième structure (-C(R')2 -N3) ne comporte pas de groupe R". Néanmoins, ainsi que le soutient à juste titre la société Illumina Cambridge, la description décrit le processus de déprotection de ce type de groupe de blocage par production d'un intermédiaire (amino) dissociable en milieu aqueux en présence de phosphines : [0060] : Lorsque les molécules contiennent des groupes Z de formule C(R') 2 N 3 , le groupe azido peut être converti en amino par contact de telles molécules avec les ligands phosphine ou phosphines azotées décrits en détail dans le présent document , [0072] : Le terme amino désigne des groupes de type NR'R", où R' et R" sont choisis indépendamment parmi l'hydrogène, un groupe alkyle en C 1-6 (également appelé alkylamino en C1-6 ou di-alkylamino en C1-6 , [0117] et [0118] : 3'-OH protégé par un groupe azidométhyle en tant que forme protégée d'un hémiaminal : Les nucléotides portant ce groupe de blocage en position 3' ont été synthétisés, et il a été démontré qu'ils (...) peuvent ensuite être éliminés dans des conditions aqueuses neutres en utilisant des phosphines ou des thiols hydrosolubles). Il n'est, de plus, pas discuté que l'homme du métier aurait su déprotéger un tel nucléotide au regard de ses connaissances générales et plus particulièrement la réaction de Staudinger, réaction chimique entre une azoture (-N3) et une phosphine en présence d'eau, au cours de laquelle l'azoture subit une réduction pour générer avec un rendement élevé une amine primaire.
34. Les critiques sous a) ne sont donc pas suffisantes à caractériser une insuffisance de description.
35. La revendication 6 du brevet EP 578 complète les revendications précédentes sur les nucléotides modifiés en ce que "ladite base est liée à un marqueur détectable via un lieur clivable ou un lieur non clivable". Sa revendication 17 divulgue le procédé de séquençage selon les revendications 6 à 10, selon lesquelles l'identité du nucléotide incorporé est déterminée par détection du marqueur lié à la base, puis le groupe de blocage et ledit marqueur sont retirés avant l'introduction du nucléotide suivant, ce qui suppose le retrait du marqueur dans tous les cas, y compris, dans un cas de la revendication 6, lorsque le marqueur est lié par un lien non clivable.
36. La société MGI soutient que l'homme du métier n'était pas en mesure de savoir comment retirer le marqueur si le lien n'est pas clivable, la technique du photo-blanchiment ne permettant pas le retrait du marqueur mais seulement une suppression de sa fluorescence, ce que la société Illumina Cambridge ne discute pas ; or, le terme retrait (removal) ne peut être assimilé à neutralisation de la fluorescence. Dès lors, quand bien même le séquençage resterait possible avec une simple neutralisation du marqueur sans retrait, l'invention ne peut être réalisée selon la revendication 17 dans tous ses éléments.
37. Cette insuffisance de description est cependant limitée à l'exécution de la revendication 17 dans le seul cas de l'une des branches de l'alternative de la revendication 6 dans laquelle le lieur entre base et marqueur est non clivable et n'empêche pas, même dans ce cas, la réalisation du procédé de séquençage décrit. La critique sous b) est donc justifiée mais pointe une insuffisance mineure qui ne vicie qu'une branche particulière et divisible de l'invention. Elle ne justifie donc pas l'annulation totale de la revendication 17 pour insuffisance de description mais seulement son annulation partielle dans la limite de sa référence à cette revendication 6 et sa limitation à la référence aux revendications 7 à 10.
38. La société MGI n'explique pas en quoi le retrait total ou partiel du lieur après clivage du marqueur a un effet sur l'exécution de la revendication 10 du brevet EP 289. Dans ces conditions, quand bien même la question du sort du lieur après clivage ne serait ni revendiquée, ni décrite, cela n'est pas susceptible d'empêcher l'homme du métier de réaliser l'invention.
39. La critique sous c) n'est donc pas suffisante à caractériser une insuffisance de description.
40. Quant aux critiques de la société MGI réunies sous le d), elles portent sur les performances de l'invention et non la suffisance de sa description de sorte qu'elles sont inopérantes.
41. Le grief d'insuffisance de description des brevets EP 578 et EP 289 sera donc partiellement retenu s'agissant de la revendication 17 du brevet EP 578 et rejeté pour le surplus.
3 . Sur la nullité du brevet EP 289 pour extension de l'objet au-delà du contenu de la demande et du champ de la demande parente
42. La société MGI soutient que : - la revendication 1 du brevet EP 289 couvre un nucléotide modifié ayant un "groupe 3'-azidométhyle" c'est-à-dire une molécule dans laquelle le groupe azidométhyle est lié au troisième atome de carbone (3') du groupement sucre directement, sans atome d'oxygène intermédiaire, qui n'est pas divulguée dans la demande parente de sorte que les revendications indépendantes 1, 6, 9 et 10 et les revendications dépendantes sont nulles ; - le terme désoxyribose désigne un ribose dont l'un des atomes d'oxygène a été retiré, peu importe que le groupe hydroxyle restant soit lié à la position 2' ou 3' ; - en l'absence de référence à un atome d'oxygène dans le brevet EP 289, la revendication 1 doit être interprétée comme couvrant une molécule dans laquelle le groupe azidométhyle est lié au troisième atome de carbone (3') sans atome d'oxygène intermédiaire ; - l'interprétation de la société Illumina Cambridge est contraire à la principale source internationale (UICPA) de définitions et de nomenclatures en chimie et biochimie, dont il ressort que les termes "groupe 3'-azidométhyle" désignent un groupe azidométhyle lié directement à l'atome de carbone 3' ; - si elle a écrit que "les formes 3'-azidométhyle et 3'-O-azidométhyle sont interchangeables" dans sa demande de brevet WO 2018/129214 en 2018, c'est au motif que "sinon les deux termes auraient renvoyé à des structures différentes" ; - cette revendication étant dépourvue d'ambiguïté, il ne faut pas recourir à la description du brevet pour interpréter le sens des termes "groupe 3'-azidométhyle".
43. La société Illumina Cambridge fait valoir que : - la caractéristique "structure O-Z" doit être interprétée par l'homme du métier comme un groupe azidométhyle lié au carbone 3' via l'atome d'oxygène du groupe hydroxyle (OH) du sucre désoxyribose, dépourvu de groupe OH en position 2' mais non en position 3' ; - lorsqu'il n'y a pas de groupe OH en position 3', le sucre est nommé didésoxyribose et non désoxyribose ; - la nomenclature UICPA (pour Union internationale de chimie pure et appliquée) fait référence en chimie et biochimie mais pas en biologie moléculaire ; - la société MGI a elle-même écrit dans une demande de brevet en 2018 "les formes 3'-azidométhyle et 3'-O-azidométhyle sont interchangeables" ; - le doute serait en toute hypothèse levé par la description (paragraphes [0102] et [0103]) ; - plusieurs juridictions ont déjà tranché ce point dans son sens.
Sur ce,
44. L'article 76(1) de la CBE prévoit notamment "Toute demande divisionnaire de brevet européen doit être déposée directement auprès de l'Office européen des brevets conformément au règlement d'exécution. Elle ne peut être déposée que pour des éléments qui ne s'étendent pas au-delà du contenu de la demande antérieure telle qu'elle a été déposée". et l'article 69 (1) "L'étendue de la protection conférée par le brevet européen ou par la demande de brevet européen est déterminée par les revendications. Toutefois, la description et les dessins servent à interpréter les revendications."
45. La revendication 1 du brevet EP 289 vise une "molécule de nucléotide triphosphate modifiée comprenant [?] un groupement sucre désoxyribose comportant un groupe 3'-azidométhyle" alors que la revendication 1 du brevet EP 578 visait une "molécule de nucléotide modifiée comprenant [?] un groupement sucre désoxyribose ayant un groupe de blocage de 3'-OH retirable fixé de manière covalente à celle-ci, de sorte que l'atome de carbone 3' a un groupe fixé de structure -O-Z". Le brevet parent fait donc référence à un groupe de structure O-Z lié à l'atome de carbone en position 3', tandis que le brevet EP 289 revendique une molécule incluant un groupement sucre désoxyribose comportant un groupe 3'-azidométhyle, et non 3'-O-azidométhyle.
46. A l'appui de sa position selon laquelle l'homme du métier comprendra de la revendication du brevet EP 289 qu'elle décrit un groupe 3'-azidométhyle directement fixé sur l'atome de carbone en position 3' du sucre désoxyribose, la société MGI invoque des rapports du professeur [K] du 28 avril 2020 et du professeur [W] du 13 juillet 2020 selon lesquels cette conclusion s'infère clairement des règles de nomenclature de l'UICPA et qu'il s'agit d'une configuration moléculaire différente de 3'-O-azidométhyle.
47. Elle ne conteste cependant pas que le terme désoxyribose peut renvoyer à un sucre sans groupe hydroxyle (OH) en position 2' (comme dans la figure reproduite au point 4 supra) ou sans groupe hydroxyle en position 3' (étant précisé que, lorsque les deux groupes hydroxyles sont absents, on parle de didésoxyribose) et qu'il est couramment utilisé pour désigner un ribose dépourvu d'un atome d'oxygène dans la position 2' (comme dans ADN, par exemple, au lieu de acide 2- désoxyribonucléique).
48. Ce sens courant est confirmé par la société Complete genomics inc. du groupe BGI qui, dans sa demande de brevet WO 2018/129214 du 4 janvier 2018 ayant pour objet des compositions et procédés de SBS, a indiqué parmi les définitions au paragraphe [0051]: "as used herein, in the context of a cleavable blocking group of nucleotide analog, the designation "3'-O-" is sometimes implied rather than explicit. For example, the terms "azidomethyl", "3'-O- azidomethyl" are interchangeable as will be apparent from context" et a donné la légende "3'-azidomethyl" à sa figure 9 ci-dessous reproduite illustrant un sucre dont l'atome de carbone 3' a un groupe fixé de structure -O-N3.

49. Au regard de ce double sens du terme désoxyribose et du fait que l'expression "3'-O-" soit parfois sous-entendue, la société MGI est mal fondée à soutenir que la revendication 1 du brevet EP 289 signifie de façon si claire que le groupe azidométhyle est lié au troisième atome de carbone (3') du groupement sucre directement, sans atome d'oxygène intermédiaire, qu'il serait exclu de recourir à la description du brevet pour interpréter le sens des termes "groupe 3'-azidométhyle".
50. Or, la description évoque, d'emblée, le caractère retirable du groupe de blocage et, dès le paragraphe [0015] le rattachement d'un groupe de structure -O-Z à l'atome de carbone 3' et fournit des exemples de molécules dans lesquelles le groupe de blocage azidométhyle est lié au carbone 3' par l'intermédiaire d'un atome d'oxygène (paragraphes [00102] et [00103]).
51. De plus, la société MGI ne conteste pas la déclaration du 28 juin 2021 du docteur [X] [I] selon laquelle l'homme du métier aurait nécessairement compris que la revendication 1 portait sur des molécules nucléotidiques possédant une base purine ou pyrimidine et un groupement sucre désoxyribose comportant un groupe azidométhyle (soit un groupe -CH2N3) attaché à l'oxygène à la position 3' car, "si cela n'était pas le cas, par exemple si le groupe azidométhyle était attaché directement au carbone 3', il annulerait entièrement l'objectif technique fondamental auquel les nucléotides sont destinés dans le brevet EP 289" car cela reviendrait à éliminer de façon irréversible le groupe 3'-OH, "ce qui exclurait toute croissance future du polynucléotide, empêchant ainsi tout autre séquençage".
52. Dans ces conditions, le tribunal retient que l'homme du métier comprendrait que, lorsque la revendication 1 mentionne un groupe 3'-azidométhyle, il s'agit d'un groupe 3'-O-azidométhyle car les termes sont interchangeables dans ce contexte et parce que c'est ce qui ressort sans ambiguïté de la description.
53. Le grief d'extension de l'objet du brevet n'est donc pas fondé et la nullité demandée de ce chef est rejetée.
4 . Sur la nullité des brevets pour défaut de nouveauté
54. La société MGI soutient que : - le tableau 1 de l'article de Pentti Oksman et autres (ci-après ea) de 1992, qui concerne la fourniture de nucléosides modifiés pouvant être utiles dans le traitement du VIH, divulgue des nucléosides modifiés par un groupe 3'-O-azidométhyle et l'homme du métier aurait compris que ces nucléosides peuvent agir comme des inhibiteurs potentiels du VIH et que l'utilisation de nucléosides comme antiviraux repose sur leur conversion in vivo en nucléotides correspondants, par l'ajout du groupe triphosphate au carbone 5', - l'homme du métier aurait nécessairement abouti à des nucléotides modifiés 3'-O-azidométhyle, tels que revendiqués par le brevet EP 578 et le brevet EP 289 ; - les revendications 1 et 9 du brevet EP 289 sont implicitement divulguées par un article de Lin ea (1993) mentionnant la formule structurelle d'un nucléoside avec une base thymine, un groupe sucre, un groupe hydroxyle et un groupe azidométhyle.
55. La société Illumina Cambridge oppose que : - pour être destructeur de nouveauté, un document antérieur doit révéler tous les moyens de l'invention et résoudre le même problème technique ; - l'article d'Oksman ea analyse la structure de 20 nucléosides, il ne mentionne pas de nucléotides et ne concerne en rien le séquençage ou la synthèse de l'ADN (il recherche la potentielle activité antivirale des nucléosides étudiés) ; - quand bien même l'article d'Oksman ea aurait divulgué qu'un nucléoside identifié comme potentiel inhibiteur du VIH devait être testé in vivo (ce qui n'est pas le cas), il aurait été purement spéculatif de considérer que ce composé serait converti en un nucléotide triphosphate, - l'article de Lin ea (1993) n'enseigne pas de molécule de nucléotide modifiée par l'adjonction d'un groupe de blocage azidométhyle en position 3' via un atome d'oxygène, - ce sont les conclusions de la division d'opposition dans ses deux décisions sur les deux brevets ainsi que celles des juges suédois, belge et espagnol.
Sur ce,
56. L'article 138, 1, a) de la CBE dispose que le brevet européen est déclaré nul par les tribunaux d'un État contractant si "l'objet du brevet européen n'est pas brevetable en vertu des articles 52 à 57" et l'article 54 définit ainsi la nouveauté : "Une invention est considérée comme nouvelle si elle n'est pas comprise dans l'état de la technique". L'élément de l'art antérieur n'est destructeur de nouveauté que s'il renferme tous les moyens techniques essentiels de l'invention dans la même forme, le même agencement et le même fonctionnement en vue du même résultat technique : l'antériorité, qui est un fait juridique dont l'existence, la date et le contenu doivent être prouvés par tous moyens par celui qui l'invoque, doit être unique et être révélée dans un document unique dont la portée est appréciée globalement
57. Il est constant qu'un nucléoside est composé d'un sucre à 5 atomes de carbone et d'une base nucléique et qu'il devient un nucléotide lorsqu'un ou plusieurs groupes phosphate sont liés à son carbone 5'.
58. Il n'est pas contestable que les nucléosides sont des molécules différentes des nucléotides, qu'aucun des nucléosides sélectionnés par les articles précités n'est envisagé comme apte à être utilisé dans le séquençage de l'ADN et que la conversion in vivo des nucléosides n'était pas envisagée par ces articles. De plus, la société MGI ne fournit pas de réponse aux difficultés techniques soulevées par la société Illumina Cambridge à cette conversion in vivo.
59. Enfin, l'article de Pentti Oksman ea a été écrit dans le domaine de la recherche antivirale et décrit des nucléosides inhibiteurs potentiels du VIH, de même que l'article de Lin ea, s'inscrivant dans le cadre de la recherche contre le cancer, c'est-à-dire qu'ils contribuent à la résolution d'un problème technique sans aucun lien avec le séquençage et sans aucune mention d'un effet technique notamment de blocage réversible.
60. Dès lors, la révélation de nucléosides, quand bien même ils comporteraient un groupe COH2N3,comme agents potentiels antiviraux ne saurait constituer la divulgation implicite de nucléotides modifiés pour permettre la SBS de polynucléotides grâce à un groupe de blocage retirable.
61. La demande de nullité des brevets pour défaut de nouveauté est donc rejetée.
5 . Sur la nullité pour défaut d'activité inventive
62. L'article 138, 1, a) de la CBE dispose que le brevet européen est déclaré nul par les tribunaux d'un État contractant si "l'objet du brevet européen n'est pas brevetable en vertu des articles 52 à 57" et l'article l'article 56 que "une invention est considérée comme impliquant une activité inventive si, pour un homme du métier, elle ne découle pas d'une manière évidente de l'état de la technique". Pour apprécier l'activité inventive d'un brevet, il convient de déterminer d'une part, l'état de la technique le plus proche, d'autre part le problème technique objectif à résoudre et enfin d'examiner si l'invention revendiquée aurait été évidente pour l'homme du métier. Les éléments de l'art antérieur ne sont destructeurs d'activité inventive que si, pris isolément ou associés entre eux selon une combinaison raisonnablement accessible à l'homme du métier, ils permettaient à l'évidence à ce dernier d'apporter au problème résolu par l'invention la même solution que celle-ci.
a) Le problème technique à résoudre
63. Selon la société MGI, le problème technique objectif, à partir de la demande de brevet WO02/29003 ([R], 11 avril 2002), ci-après "la demande de brevet [R]", ou, alternativement, la demande de brevet WO 91/06678, publiée le 16 mais 1991 (ci-après "la demande de brevet Tsien"), doit être limité à la recherche d'un groupe de blocage alternatif à ceux divulgués par l'art antérieur car, si l'on suit la position de la société Illumina Cambridge sur ce point, on constate que : - les brevets portent aussi sur des applications pour lesquelles la possibilité de supprimer le groupe bloquant n'est pas pertinente (le séquençage de Sanger, les méthodes de synthèse, les agents antiviraux et les outils de recherche), - l'utilisation du groupe 3'-O-azidométhyle revendiqué n'apporte pas d'amélioration par rapport aux groupes de blocage de l'art antérieur en ce que le breveté n'était pas en mesure de réaliser efficacement une méthode SBS (sans dénaturation de l'ADN) avec un rendement satisfaisant (peu de cycles de déprotection réalisés expérimentalement).
64. La société Illumina Cambridge soutient que cette conception est réductrice et que le problème technique résolu par les brevets est la fourniture d'un groupe de blocage 3'-OH aux propriétés améliorées ou, à tout le moins d'un groupe de blocage 3'-OH alternatif, c'est-à dire un groupe de blocage qui convient à une utilisation dans une réaction de polymérase, et qui peut également être déprotégé avec une excellente efficacité de clivage dans des conditions aqueuses douces et neutres, de sorte qu'aucun dommage n'est causé à la structure polynucléotidique.
Sur ce,
65. Comme l'a retenu le juge de la mise en état dans son ordonnance du 9 juillet 2021, la description des deux brevets (paragraphes [0005], [0006]) indique que "pour être utiles dans le séquençage d'ADN, les nucléotides, et plus généralement les nucléotides triphosphates, nécessitent généralement un groupe de blocage 3'OH afin d'empêcher la polymérase utilisée pour l'incorporer dans une chaîne polynucléotidique de continuer à se répliquer une fois que la base sur le nucléotide est ajoutée", qu'"il existe de nombreuses limites à l'adéquation d'une molécule en tant que groupe de blocage" qui "doit être telle qu'elle empêche l'ajout de molécules de nucléotides supplémentaires à la chaîne polynucléotidique tout en étant, simultanément, facilement éliminable du groupement sucre sans endommager la chaîne polynucléotidique" et "des groupes de blocage réversibles à cet effet ont été décrits précédemment, mais aucun d'entre eux ne satisfait de manière générale aux critères ci-dessus pour la chimie des polynucléotides, par exemple, compatible avec l'ADN". Après avoir cité l'article de Metzker ea (1994), la demande de brevet [R] et la méthodologie de déprotection de [S] ea (1999), la description constate "il n'a pas été possible jusqu'à présent d'effectuer un séquençage d'ADN en utilisant des nucléotides 3'OH bloqués par allyle" [0011].
66. Il apparaît donc, ainsi que l'a retenu la division d'opposition de l'OEB le 9 décembre 2015 saisie d'une opposition au brevet EP 578, que l'objectif de celui-ci était d'identifier des groupes de blocages retirables adaptés au séquençage d'ADN aux